闽侯县农业农村局下设办公室、法规与审批科、政策与改革科、乡村振兴科、计划财务科、产业发展与科教信息科、安全监管科、渔业与畜牧兽医科、种植业管理科等9个内设机构，辖闽侯县农业自然资源调查农业区划中心、闽侯县农村合作经济经营发展中心、闽侯县农业技术推广中心、闽侯县植保植检站、闽侯县土壤肥料技术站、闽侯县种子服务中心、闽侯县经济作物站、闽侯县农业科学研究所、闽侯县农产品质量检验检测中心、闽侯县畜牧兽医站、闽侯县农业综合开发中心、闽侯县农业综合执法大队、闽侯县农业机械保障中心等事业单位13个。

    机构职能：

    （一）办公室。综合协调机关和直属事业单位工作，督促重大事项的落实。承担机关文电、会务、机要、档案、保密、效能、政务公开、安全保卫和信访等工作。承担应急管理、行政后勤等工作。按有关规定承担安全生产相关职责。承担机关和直属单位干部人事、机构编制管理工作。承担农业系列专业技术资格管理的有关工作。负责机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。负责政府采购管理工作。

    （二）法规与审批科。承担农业农村有关地方性法规、政府规章的起草工作。承担农业行政复议、有关文件合法性审查工作。组织行政应诉、普法宣传工作。组织拟定并实施本局行政审批和公共服务事项工作制度，负责行政审批和有关公共服务事项办理。

    （三）政策与改革科。研究提出农业农村改革发展及巩固完善农村基本经营制度等相关政策建议。指导发展农村新型农业经营主体和多种形式程度规划经营。协调推进乡村治理体系建设。监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理。指导农村集体资产和财务管理、农民合作经济组织和农业社会化服务体系建设。承担农民承包地改革和管理、农村宅基地和农村集体产权制度等改革工作。

    （四）乡村振兴科。提出实施乡村振兴战略的政策建议。起草农业农村经济发展战略规划。承担推动农业绿色发展有关工作。组织农业资源区划工作，指导农业区域协调发展。牵头组织改善农村人居环境，统筹指导村庄整治、村容村貌提升。协调推动农村社会事业发展、公共服务体系建设和基础设施建设。指导农村“六大员”工作。配合有关部门开展乡村干部培训工作。指导农村精神文明和优秀农耕文化建设。

    （五）计划财务科。提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议，组织提出农业投资规模、方向的建议并监督实施。组织编报部门预算和决算并组织执行。参与农村金融、农业保险的政策制定。负责机关、直属单位财务、资产和政府采购管理工作，组织开展内部审计。

    （六）产业发展与科教信息科。组织协调乡村产业发展。起草促进乡村特色铲压、农产品加工业、休闲农业发展的政策措施。提出农业产业化经营发展的政策建议。指导农业园区和农业产业化龙头企业等专项建设。指导开展农业创业创新工作。

    （七）安全监管科。组织实施农产品质量安全监管有关工作。参与农产品及相关农业生产资料地方标准拟订、修订，承担农产品质量标准化有关工作。提出农产品禁止生产区域建议。组织实施农产品质量安全监管和信息发布。指导农产品质量安全监管体系、检验检测体系、信用体系建设和考核工作。依法实施农产品认证和监督管理有关工作。承担农产品质量安全标准、监测、追溯等相关工作。

    （八）渔业与畜牧兽医科。起草并组织实施畜牧业、饲料业、畜禽屠宰行业、兽医事业发展政策和规划，参与起草相关标准和技术规范。监督管理兽医医政、兽药及兽医器械。指导畜禽粪污资源化利用。监督管理畜禽屠宰、饲料及其添加剂、生鲜乳生产收购环节质量安全。组织实施动物防疫检疫。

    （九）种植业管理科（农药管理科）。起草种植业（包括粮食、非木本油料、糖料、水果、蔬菜、茶叶、中药材、食用菌等）发展政策、规划。指导种植业结构和布局调整及标准化生产工作，发布农情信息。承担发展节水农业和抗灾救灾相关工作。